(Архангельской митрополии), расположен на Лопском п-ове, омываемом водами Кожозера (бассейн р. Онеги). Считается самой удаленной обителью от ближайших населенных пунктов (84 км от пос. Шомокша, 110 км от пос. Нименьга). Основан в сер. XVI в. как небольшая пустынь на острове. Название озера объяснялось схожестью его береговых очертаний с «распростертой кожей» (Челмогорский. 1901. № 18. С. 472). Видимо, топоним Кожозеро принадлежит к финно-угорским субстратным топонимам и означает озеро «в каменистой местности».
К. м. причисляли к Турчасовскому стану Каргопольского у., управляли К. м. Новгородские архиереи; в 1764 г. мон-рь упразднен, обращен в приход, к-рый при разграничении губерний в 1784 г. вошел в состав Архангельской губ.
Первым на остров Кожозера в поисках уединения в 1552 г. пришел священноинок прп. Нифонт. Спустя нек-рое время, приехав в столицу по делам мон-ря, он скончался и был похоронен в одной из московских обителей. Основная роль в создании обители принадлежала его ученику и сподвижнику прп. Серапиону Кожеезерскому († 1611). Сведения о нем содержатся в сказании «О зачале cвятаго места Кожеезерския пустыни и о житии предивнаго старца Серапиона». Оно сохранилось в 2 списках 1-й пол. XVIII в., представляющих 2 разные редакции (список 1-й ред.: БАН. Арханг. Д. 405. Л. 1-9; список 2-й ред.: РНБ. Солов. 182/182. Л. 17-24 об.).
Прп. Серапион - плененный татар. царевич Туртас хан Гавирович - был приведен в Москву после взятия Казани в 1552 г. и крещен с именем Сергий. До ухода в паломничество по сев. обителям проживал в доме воеводы З. И. Очина-Плещеева († 1571), женатого на сестре Туртаса астраханской царице Ельякши (в крещении Иулиания). Составитель сказания сообщает, что прп. Серапион 46 лет подвизался в К. м. (РНБ. Солов. 182/182. Л. 18 об.), следов., он пришел на остров Кожозера ок. 1565 г. Однако др. источники фиксируют более ранние даты его прихода в пустынь. Напр., в царской грамоте 1595 г. указывается, что старец Серапион строил обитель 36 лет (АИ. 1841. Т. 1. С. 462; Макарий (Веретенников). Прп. Серапион Кожеезерский. 1996. С. 8), следов., он пришел на Кожозеро не позднее 1559 г. В сказании дано краткое описание преобразования маленькой пустыни в общежительный монастырь, трудов прп. Серапиона по сбору пожертвований и строительству обители. Крестьяне деревень, расположенных вдоль р. Онеги, прося старца «соградить церковь и монастырь», охотно жертвовали «от своих имений». В 1589 г. в Москве патриарх Московский и всея Руси свт. Иов благословил старца Серапиона на создание К. м., назначив его строителем.
Учеником прп. Серапиона был «московитин» игум. Арсений († 14 авг. 1606). Известен его вклад (68 р.) в монастырь в 1603/04 г. Но 1-м игуменом К. м., официально поставленным в 1608 г. Новгородским митр. Исидором, стал прп. Антоний (Авраамий) Кожеезерский (1608-1634). Авраамий получил от архиерея пожертвования: «Божие Милосердие, четыре образы окладныя пядницы, венцы сканыи да десять рублев денег» (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 103). В 1-й год игуменства Авраамия в К. м. скончался опальный кн. Иван Васильевич Сицкий († 1608), сосланный в обитель царем Борисом Годуновым и насильно постриженный в монахи с именем Сергий. Но ссылки в К. м. начались задолго до опалы Сицкого. Так, царская грамота 1595 г. сообщает о жалобах старца Серапиона на участившиеся ссылки из Москвы в К. м. «опальных людей», которые отягощали повседневную жизнь братии, поскольку «им де старцом и самим питаться нечем, и беречь де тех людей некому» (АИ. 1841. Т. 1. С. 462).
Игуменство Авраамия - время духовного и материального расцвета монастыря. При нем К. м. получил вклады патриарха Московского Филарета (Романова), Новгородского митр. Иова и старицы Марфы (Романовой), «на колокола» (1621), а также вклад кн. Ивана Борисовича Черкасского. Игум. Авраамий способствовал развитию местной книжности и агиографической традиции, положил начало ведению монастырской летописи. При нем было составлено сказание «О зачале cвятаго места Кожеезерския пустыни...», возможно, оно писалось со слов Авраамия. Имя составителя неизвестно. В документе Московского Печатного двора 1633 г. говорится, что «справщик игумен Кожеезерский Аврамий купил два Евангилья напрестольных в тетратех» (Володихин. 1998. С. 118). Перед кончиной игум. Авраамий принял схиму с именем Антоний (Ɨ 27 мая 1634) и был погребен в К. м. под одной плитой с прп. Серапионом. Почитание преподобных Серапиона и Антония (Авраамия) как местночтимых Новгородских святых началось с сер. XVII в. В XX в. преподобные Серапион, Нифонт и Антоний были включены в Собор Новгородских святых.
На рубеже XVI и XVII вв. в К. м. подвизались преподобные Лонгин, Герман и Боголеп , а также прп. Корнилий Кожеезерский. С 1601/02 г. в К. м. полтора года прожил прп. Никодим Кожеезерский, Хозьюгский († 3 июля 1639). Затем в течение 36 лет он пустынножительствовал на р. Хозьюге, но за полтора месяца до кончины вернулся в мон-рь и был погребен в Никольском приделе Богоявленского собора. В 1625 г., при игум. Авраамии, послушником К. м. стал Иоанн Дятлев (впосл. иеромон. Иаков), один из составителей Жития прп. Никодима. Ок. 1602 г. в К. м. поступил прп. Леонид († 1654; впосл. основатель Леонидовой Усть-Недумской пустыни). В К. м. он подвизался под рук. старца Серапиона и проживал в одной келье с прп. Никодимом, еще не ушедшим на пустынножительство. Св. Леонид в должности келаря неоднократно упоминается в недатированных статьях вкладной книги К. м. вместе с игум. Авраамием (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 111, 198).
При настоятеле (1634-1642) игум. Ионе (Ляпунове) 8 июня 1634 г., во время пожара, сгорели оба храма и хозяйственные постройки. Игумен собирал пожертвования на их восстановление. Значительные средства поступали в К. м. из Москвы: от денежных дел мастера старца Герасима, старца Даниила (казначея патриарха Иоасафа), Григория Васильева, давшего «складни, серебром обложены, позолочены со сканию» (1636/37), старца Александра Булатникова, келаря Троице-Сергиева мон-ря, сделавшего кроме книжных вклады «на келью», на церковные сосуды и колокол (1640/41). В годы настоятельства игум. Ионы во вкладной книге записаны пожертвования от соловецких пострижеников старцев Флавиана, Тихона, Даниила (ок. 1639/40), Кирика (1636/37), Ефрема Квашнина (1637/38), Пафнутия, подарившего складни Соловецких чудотворцев, старца Игоря, священноинока Венедикта, анзерского старца Зосимы (1636/37) и др.
В 1634 г., при игум. Ионе, в число братии был принят иером. Никон (Минов; впосл. патриарх Московский и всея Руси). По благословению настоятеля он поселился на пустынном острове Кожозера; помимо молитвенного делания занимался ловлей рыбы для братии. В 1643 г. по просьбе насельников Никон стал игуменом К. м. Его трудами остров был соединен с берегом насыпью - дамбой; в монастыре было 100 насельников.
В 1639 г. в К. м. принял постриг «московит» Борис Васильевич Львов (с именем Боголеп; † 1675), брат думного дьяка Григория Васильевича Львова, книжник, составитель первоначальной Краткой редакции Жития прп. Никодима. В исследованиях встречается ошибочное отождествление рода Бориса и Григория Васильевичей Львовых с родом князей Львовых, занимавших в Государевой думе боярские чины. Это мнение, видимо, связано с упоминанием среди вкладчиков К. м. кн. Алексея Михайловича Львова (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 9). До поступления в К. м. Борис Львов нес «книгописное» послушание в Соловецком в честь Преображения Господня монастыре. Известна рукопись «Слова преподобнаго Симеона Новаго Богослова» (ГИМ. Син. 2. № 168), написанная им на Кожозере (Понырко. 1992. С. 141). Старец Боголеп сыграл огромную роль в становлении б-ки, книжно-рукописной традиции и иконописной культуры К. м. При нем из Москвы на Кожозеро шли «самые богатые и разнообразные вклады, приносившие вместе с прочими дарами много печатных и рукописных книг» (Спасский. 1981. С. 70). К 1648 г. старец Боголеп завершил труд над повестью о прп. Никодиме и отдал ее на прочтение троицкому келарю Симону (Азарьину). В одно из последних посещений Москвы старец Боголеп вместе с диак. Благовещенского собора Феодором участвовал в споре со справщиками и был взят на заметку как старообрядец (АИ. 1842. Т. 5. С. 480). Царским указом Боголеп был вызван на церковный Собор 1666-1667 гг.; его обвинили в учинении в монастыре расколов и в «подстрекательстве мятежам», а также в том, что он «отцу духовному вящше 10 лет не исповедаше грехов своих, камканию же святому выше 20 лет не общаяся, ниже в церковь хождаше». Однако Боголеп на Собор так и не явился, чувствуя себя «на Кожеозере неприкосновенным» (Понырко. 1992. С. 140). Поcле кончины схим. Боголепа в 1675 г. в его келье осталось большое собрание книг и икон. Старец был чрезвычайно щедрым вкладчиком. За 26 лет жизни в К. м. он внес «всего вкладу... святыми иконами и книгами и денгами, и иными вещми на осмь сот на тридцать четыре рубля с полтиною, о прочей сей сих пяти икон, что жемчюгом обложены, писаны без цены» (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 29).
При настоятеле (ок. 1663-1681) игум. Павле († дек. 1682) кожеезерская братия в отличие от старцев Соловецкого монастыря поддержала церковные реформы патриарха Никона. В К. м. были сосланы «на сбереженье» чернец Иов (Салтыков), сын боярский Осип Пирютин и Аверкий Москвитин. В 1676 г. указом царя Феодора Алексеевича в К. м. приписывалось перевести протопопа Аввакума Петрова «со товарыщи». Однако перевод не состоялся (Малышев. 1965. С. 332-333). Игум. Павел заботился о сохранении монастырских угодий: в 1670 г. вернул насильно захваченные крестьянами Клещепольской вол. сенные покосы, а также приобрел новые земли. В 1681 г. он отстоял право К. м. на ловлю семги в устье р. Кожи, на которое претендовал Соловецкий мон-рь. При игум. Павле К. м. получил от царя Феодора Алексеевича послушную грамоту на все прежние грамоты. Состоялась канонизация прп. Никодима, над его мощами возвели часовню, составили Пространную редакцию его Жития. В 1695 г., при настоятеле игум. Анании (1693-1698), были обретены нетленные мощи прп. Никодима. Игум. Матфей (Спицын), возглавлявший К. м. в 1707-1715 гг., составил сборник, посвященный Кожеезерским святым (БАН. Арханг. Д. 405). Георгий (ок. 1722) был последним настоятелем в сане игумена, затем обителью управляли строители.
17 авг. 1758 г. К. м. был приписан к каргопольскому в честь Преображения Господня мон-рю, к-рому обязывался ежегодно выплачивать по 50 р.; в 1764 г. К. м. был упразднен.
В 1764 г. имущество, в т. ч. и книжное собрание К. м., было передано в каргопольский Преображенский и Александров Свирский мон-ри. В описи 1765 г., составленной после закрытия обители, значилось более 50 книг (Челмогорский. 1901. № 23. С. 646-656).
Самые ранние рукописи К. м., появившиеся уже при первых насельниках, в кон. XIX в. обнаружены и описаны А. Е. Викторовым в б-ках Свирского мон-ря и Архангельской ДС: Правила Соборов св. отцов XV в. (в собр. Александрова Свирского монастыря. № 17(78)), Торжественник XV в. (Там же. № 43(62)), «Диоптра» Филиппа пустынника XVI в. (Там же. № 24(73)) и Пролог сент.-февр. XVI в. (Викторов. 1890. С. 36, 177-178, 184-185). Долгое время в обители хранились синодик и вкладная книга (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62), заведенные еще старцем Нифонтом. Синодик сгорел во время пожара в 1884 г.
Монастырская б-ка пополнялась книжными вкладами иноков как К. м., так и др. обителей. Об этом свидетельствуют обиходные примечания во вкладной книге. Так, 1-й игумен Авраамий вложил в К. м. печатную книгу свт. Василия Великого, 2 книги свт. Григория Богослова, Часовник. Среди жертвователей - насельники Герасим, Лаврентий, Захарий, Феофил, келарь Филофей (в схиме Феодосий), а также мон. Никифор, передавший в К. м. «книгу Стихараль певчую», 4 Часословца, Псалтирь с восследованием и с летописцем 1680 г., «Повесть о прп. отце Варлааме, пустынножителе, и Иоасафе, царе индийстем» (1681), Минею общую, и уставщик иеродиак. Афанасий, вложивший Псалтирь и Ирмологий, книги прп. Ефрема Сирина, аввы Дорофея, прп. Иоанна Лествичника и рукописи: Алфавит с Осмочастием, Миротворный круг и Заповеди (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 146, 151 об.). Из б-ки игум. Анании (Ɨ 1698) в монастырское собрание перешла Псалтирь с восследованием. Мон. Арсений, ученик старца Боголепа, вложил в «книгохранителную казну к церкви» певч. книги «новой справы», в т. ч. Ирмологий 1673 г. (БАН ОРК. № 1385 cп.), Ирмологий «московской новосправной печати» со святцами и с пасхалией (Там же), а также Псалтирь и рукописную книгу в переплете «О жительстве от святых писаний, списание отца Нила Сорскаго» (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 144 об.).
Вкладчиками книг в К. м. были цари Михаил Феодорович, Алексей Михайлович, Иоанн V и Петр I, царевны Татьяна Михайловна и Марфа Алексеевна, патриархи Филарет, Иоасаф, Никон, великая старица Марфа, патриарший иеродиак. Филофей, царский духовник протопоп С. Вонифатьев; мон. Паисий (казначей патриарха Иоакима), а также бояре Иван Никитич и Никита Иванович Романовы, кн. Алексей Михайлович Львов и др. Среди московских вкладов значительное место занимают книги, изданные Московским Печатным двором. В б-ке К. м. хранилось подаренное игум. Никоном печатное напрестольное Евангелие, обложенное бархатом. В 1643 г. царь Михаил Феодорович передал обители Псалтирь с восследованием. В 1644/45 г. инок Боголеп вложил в обитель Псалтирь, а в 1647/48 г. «по брате своем... думном дьяке, по Григорье Васильевиче Лвове, во иноцех Герасиме, и по своих родителех» сделал крупное пожертвование, насчитывавшее 23 кодекса, гл. обр. последние издания Московского Печатного двора (РГБ. Чув. № 149). Часто посещая Москву, Боголеп скупал новые издания. Так, в 1649-1650 гг. он отмечен как покупатель 2 экз. Уложения в Приходной книге Московского Печатного двора (РГАДА. Ф. 1182. Оп. 1. № 47. Л. 49 об.). Среди его книжных вкладов в К. м.- напрестольное Евангелие («в средине распятие Господа нашего Иисуса Христа, да четыре евангелисты, все сребряное, позолочено, резное дело, да наоуголники и застешки сребряные, оболочено бархатом черным»), 2 рукописи: Кормчая и 2 сборника. Всего старец Боголеп передал обители 35 книг и завещал после кончины «взять в казну» всю его б-ку. В собрании его келейных книг значились рукописи: Толковая Псалтирь еп. Гербиполенского Брунона, «Синтагма» иером. Матфея (Властаря), «Просветитель» прп. Иосифа Волоцкого, «Книга Иакова Евреина», сочинения сщмч. Дионисия Ареопагита и прп. Максима Грека, Патерик, Хронограф, «Лавсаик», «Повесть о преподобных Варлааме и Иоасафе», Катехизис, «Шестоднев» свт. Василия Великого, Стоглав, «Книга по сошному письму» и др. (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-40; БАН. Арханг. С. 205; Кукушкина. 1977. С. 166).
Среди печатных книг в келейном собрании старца Боголепа имелись: «Беседы Евангельские в трех книгах переплетены» свт. Иоанна Златоуста (1-я книга хранится в ОРК Петрозаводского гос. ун-та. НБ № РК 8734), 2 Требника киевской и московской печати, Часослов, Уложение 1649 г., «Соборник от недели мытаря и фарисея», Номоканон, «Книга об Иверской Богородице», Лексикон, «Цветник духовный», Служебник, «Вертоград духовный», Грамматика, Скрижали, «Зерцало мирозрителное» киевской печати и др. В целом его собрание насчитывало не менее 80 томов.
Другое книжное собрание (более 20 книг) перешло в казну К. м. из келейной б-ки игум. Павла. В 1650/51 г. он, еще будучи «во дияконех», передал обители рукописи «Поучение старческое», «Алфавитный патерик», «Повести и Жития святых отец» (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 145 об.). Возможно, нек-рые сборники из этой коллекции составил сам ее владелец. Среди переданных им книг значились воскресное Толковое Евангелие, вседневное Толковое Евангелие, Апостол, «Деяния апостольские с толковым Апокалипсисом», Сборник «от мытаря и фарисея до недели Всех святых», «Пролог» в тетрадях, «Лествица», «Книга о священстве», «Цветник духовный», Канонник, «Цветословие» (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 145 об.). Интересна по составу коллекция рукописей игуменской б-ки, включающая: «Патерик, первая повесть о Евлогии-Каменносечце», Жития преподобных Саввы Сербского, Онуфрия Великого, Иоанна Дамаскина, свт. Феодора Эдесского и иных святых, Мучение вмч. Артемия и др.
В 1-й четв. XVIII в. в К. м. был создан агиографический цикл, посвященный основателям мон-ря и прп. Никодиму Кожеезерскому, который включал Житие, службу, стихиры на поклонение мощам, виршевое Житие, а также выписки из монастырской летописи. Одна из рукописей этого цикла, составленная игум. Матфеем (Спицыным), оказалась в собрании Антониева Сийского мон-ря (БАН. Арханг. Д. 405). В нач. XVIII в. сложились более тесные отношения К. м. с Новгородом и Сийским мон-рем. С 1704 по 1709 г. Новгородский митр. Иов сделал большие денежные пожертвования на строительство на полуострове Кожозера ц. прор. Илии и в числе прочего передал в 1705-1706 гг. в восстановленную церковь Евангелие и Минею общую. Одновременно сийский эконом иеродиак. Афанасий подарил монастырю книги (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 168): «О знамениях пришествия Антихристова», Учительное и Толковое Евангелия, Четью Минею, рукопись Слова прп. Симеона Нового Богослова (возможно, указана Викторовым как взятая «из собрания Александро-Свирского мон-ря. № 23(59)»).
Сохранился список службы прп. Никодиму 2-й пол. XVIII в., к-рым ежегодно 3 июля пользовались священники в Кожозерском приходе. Рукопись имеет многочисленные правки кон. XIX в. цензора Комитета духовной цензуры прот. Вениамина (РНБ. Собр. Тиханова. № 473). Из книг К. м. кроме вышеуказанных выявлены следующие кодексы: рукописная Кормчая (XVII в.) «из келейных книг старца Боголепа Лвова» (НБУВ ИР. Собр. Киево-Софийского собора. № 224), Триодь Цветная (М., 1660) - вклад боярыни Анны Ильиничны (БАН ОРК. № 326 сп.), сб. «Маргарит» (М., 1698) - вклад 1712 г. иеродиак. Гавриила Бажанина (БАН ОРК. № 681 сп.), Пролог (М., 1661) - вклад 1668 г. черного попа Досифея Парского (Там же. 309 сп.).
При основании обители старцу Серапиону пришлось ходить по селениям в поисках пропитания для братии: он «не могий видети их гладных». Однажды преподобный принес «на раменах» для иноков мельничные жернова и зерно. Вскоре насельники стали «землю копати и от своих трудов питатися» (БАН. Арханг. Д. 405. Л. 4). Среди первых вкладов в К. м. были земельные участки местных крестьян. Так, в купчей 1563 г. крестьянин Пияльской вол. Максим Павлов указывал, что отдал «священнику Нифонту, да строителю старцу Серапиону» 3 «полянки... по своих родителех в поминовение вечное» (Онежская старина. Онега, 1995. Вып. 1. С. 15). Крестьяне жертвовали зерно, продукты, скот. В 1577 г. А. И. Голуба духовной грамотой завещала корову и 2 телят (Акты социально-экон. истории. 1990. С. 102). После смерти царя Иоанна Грозного прп. Серапион пришел в Москву с челобитной о выделении К. м. земельных угодий. Указом от 30 сент. 1585 г. царь Феодор Иоаннович передал обители п-ов Лопский на Кожозере, а вокруг него «матерой земли по четыре версты». Грамотой 1595 г. К. м. освобождался от податей с «деревень, полуцрека и двора в Турчасове», принадлежавших обители (АИ. 1841. Т. 1. С. 462). В 1599 г., в царствование Бориса Годунова, прп. Серапион с учеником иноком Авраамием повторно пришли в Москву для подтверждения новой властью права К. м. на монастырские владения. В 1599 г. на щедрые пожертвования (200 р.) царя Бориса Годунова были куплены 4 деревни (Кернешка, Клещеево, Канзопелда и Пиява), расположенные на р. Онеге. Мон-рю были пожалованы солеварни и тони на летней стороне Белого м. Возможно, среди богатых пожертвований царя Бориса Годунова находилась часть имущества опального кн. И. В. Сицкого. В нач. XVII в. К. м. принадлежал двор в Турчасове, в котором проживало 11 бельцов. При игум. Авраамии было приобретено значительное количество пахотной и сенокосной земли, «разныя доли в рыбных - речных и озерных тонях, и в соляных варницах, и другия угодья в виде мельниц, амбаров и тому подобных строений» в деревнях Клещепольской (в 1618 и 1619), Степановской (в 1619 и 1615), Андреевской (в 1619), Пешалимской (в 1615 и 1619), Филипповской (в 1623 и 1629), Радионовской (в 1623), Пустосмеховской (в 1619), «на Малой Шуйке… нынешняго Малой Кернешке», в Турчасове (в 1611 и 1629) Каргопольского у. и в нек-рых др. местах. (Челмогорский. 1901. № 19. С. 505-506). В «Рукописном сборнике копий с древнейших документов Кожеозерского монастыря», к-рый в нач. XX в. хранился в обители, зафиксировано более 140 купчих и вкладных грамот. После кончины опального кн. Сицкого игум. Авраамий возбудил ходатайство о пожаловании мон-рю р. Кожи за ежегодное «торжественное поминовение» князя-инока Сергия (Сицкого) с пением «панихид и обедни с собором». Царской грамотой 1617 г. (на вечное поминовение инока Сергия) К. м. была передана р. Кожа «до устья и по деревню Чижонку» (Там же. С. 506). Игум. Авраамий заботился и об охране от возможных расхищений «приобретенных обителью владений». Так, 1 июня 1617 г. им были «отмежеваны спорныя пожни» К. м. от пожен Соловецкого и Александрова Ошевенского монастырей, а также от пожен крестьян Пияльской вол. 7 янв. 1624 г. некоторые крестьяне Нименской вол. дали игумену расписку в том, что обязуются «не сечь дров за межою у Белаго ручья». 19 марта 1635 г., при игум. Ионе, царь Михаил Феодорович освободил К. м. от податей «с купленных деревень Пияльского полуцрека и Турчасовскаго двора». После пожара 1634 г. местные крестьяне передавали К. м. «обильныя пожертвования» «деньгами, хлебом, платьем, скотом, землею» (Там же. С. 507, 509). При игум. Ионе было куплено земли и солеварных и рыбных угодий на 100 р.
При игум. Никоне К. м. получил царские грамоты: 3 марта 1643 г. «об отводе в Калитинской деревне в Чекуевском приходе пустошной земли на две четверти с сенными покосами и рыбными ловлями»; 14 марта 1643 г.- с разрешением беспошлинной продажи в Каргополе и Вологде «по 2000 пудов соли земли»; 2 марта 1644 г.- о передаче во владение К. м. «малой стороны Онеги» на 10 лет без перекупки; 1 февр. 1645 г.- с разрешением владеть рыбными ловлями под дер. Чижиковой. По тарханной грамоте от 26 мая 1645 г., К. м. освобождался от уплаты оброка «Клещепольских двух цренов… с соловаров и наймитов». Особой грамотой царя Алексея Михайловича подтверждались все предыдущие грамоты (Там же. № 20. С. 535). В 1681 г. в пользу К. м. у Соловецкой обители было оспорено право на ловлю семги в устье р. Кожи, затем возвращены насильно захваченные крестьянами Клещепольской вол. сенные покосы на р. Онеге. Иноки содержались «одними неоплатными доходами, как-то: от подаяния мирских людей в церковную кружку, от записки в синодик, от продажи лошадей, рогатого скота, масла, сена, и всякого хлеба с помола на мельницах… и с рыбной ловли, и от провозных денег за поставку в казну на продажу в Каргополь вываренной в монастырских варницах соли» (ГААО. Ф. 441. Оп. 2. Д. 16. Л. 100).
В нач. XVIII в. К. м. резко сократил добычу соли. Работы велись лишь в дер. Шиботовской Пияльской вол., где находился монастырский двор; за оградой мон-ря располагался скотный двор и 2 конюшенных двора (РГАДА. Ф. 350. Оп. 1712 г. Л. 630-631, 858). К. м. владел землями в Прилуцкой, Клещепольской, Нермушской, Околопосадной, Кожской, Пияльской волостях. В 1764 г. К. м. был обращен в сельский приход, к-рый из-за недостаточности средств для содержания собственного причта приписали к Прилуцкому приходу. Священники приходили в храм К. м. для совершения литургии только 2 раза в год, на престольные праздники Богоявления (6 янв.) и в день памяти прп. Никодима (3 июля).
В сер. XVI в. иером. Нифонт поставил на острове часовню в честь Богоявления. В 1581-1589 гг., при строителе Серапионе, на ее месте была воздвигнута деревянная холодная Богоявленская ц., освященная в кон. 1589 - нач. 1590 г. иером. Авраамием. К 1595 г. в К. м. была построена теплая ц. свт. Николая Чудотворца (АИ. 1841. Т. 1. С. 462). Во время пожара 1634 г. оба храма сгорели. Новая соборная Богоявленская ц. (1644) с приделом свт. Николая Чудотворца и апостолов Петра и Павла стояла на каменном фундаменте, имела 5 маковиц, крытых чешуей, кресты, обитые белым железом, «около церкви подзоры с летописными словами, окна были и большие и малые» (ГААО. Ф. 441. Оп. 2. Д. 16. Л. 12; Челмогорский. 1901. № 20. С. 534-535). Напротив храма стояла «колокольница на столбах, а на ней колокол большой 14 пудов, да другой колокол 5 пудов, да два по пуду» (Челмогорский. 1901. № 20. С. 541). При игум. Дионисии (1649-1650) по распоряжению стольника Б. И. Морозова в К. м. была выстроена 1-я деревянная ограда (ГЭ ОИРК. № ЭРБ-62. Л. 22).
Ок. 1690 г. К. м. сгорел. К нач. XVIII в. в мон-ре, окруженном деревянной оградой, находились восстановленные деревянные соборный храм Богоявления с придельной ц. свт. Николая Чудотворца, теплая ц. Благовещения Пресв. Богородицы, деревянная ц. прор. Илии на св. воротах с колокольней, 12 братских и больничных келий, «хлебенная» и поваренная кельи. В кельях проживали 2 игумена, иеромонах, 2 иеродиакона, казначей, 9 монахов, пономарь, схимонах, клирик, а также больничная братия (4 монаха и схимонах). После пожара 18 авг. 1730 г., при строителе иером. Корнилии (1723-1738), на месте теплой Никольской ц. был построен и в 1732 г. по благословению Новгородского архиеп. Феофана (Прокоповича) освящен 2-этажный деревянный храм с верхней ц. Благовещения Пресв. Богородицы, нижней - свт. Николая Чудотворца. В 1752 г. над могилой преподобных Cepaпионa и Авраамия была сооружена часовня. По описи 1767 г., в К. м. находились также деревянные ограда, надвратная колокольня с 7 колоколами и часами с боем.
В 1653 г. в Богоявленском храме хранились образ «Милосердие Божие», икона Пресв. Богородицы с предстоящим прп. Корнилием Комельским «на золоте», Казанский образ Божией Матери, «обложен серебром, позолочен, оклад резной, прикладу венец и ожерелье и рясы жемчюжны». Имелись и иконы местного письма, напр. Всемилостивый Спас с предстоящими преподобными Сергием Радонежским и Варлаамом Хутынским, исполненный иконописцами Св. Горы Афонской (вклады старца Боголепа). В 1649 г. старец Боголеп пожаловал в Никольский придел Деисус, а также двери с надписями: «Зряще мя безгласна» и «Кая житейская слава печали бывает непричастна». В Никольском приделе собора под спудом почивали мощи прп. Никодима Кожеезерского. С 1642 г. при раке хранился серебряный крест с мощами святых и частицами Животворящего Древа и ризы Господней. Над ракой висела икона Божией Матери «Умиление», к-рой, по преданию, митр. Крутицкий Пафнутий благословил мон. Никодима на пустынножительство.
В алтаре Петропавловского придела хранились рукописное Евангелие, Деисус «старой церкви» (видимо, уцелевший при пожаре 1634 г.), «ризы полотняныя ветхи, оплечье камка синяя травчатая, поручи крашенныя ветхия, пояс шелковый, кадило медное старое, фонарь церковный слудяной… две окольницы слудяныя». В трапезной части собора помещались «Деисус нового письма», иконы свт. Николая Чудотворца и вмч. Георгия Победоносца, Минея общая печатная (вклад игум. Никона). Согласно Пространной редакции Жития прп. Никодима, чудотворная икона преподобного, которой митр. Пафнутий благословил его на пустынножительство, сгорела «вкупе же и прочими церковными и монастырскими вещми» (РНБ. Солов. 182/182. Л. 36 об.- 37).
В монастырской Иоанно-Предтеченской ц. находился почитаемый образ Божией Матери Тихвинской, перед к-рым каждую субботу читали акафист. Среди реликвий в К. м. хранилась песцовая шуба, подаренная в 1639 г. прп. Никодиму патриархом Иоасафом. Жезл и мантия прп. Никодима, монастырский синодик, заведенный в сер. XVI в. старцем Нифонтом, сгорели во время пожара 1884 г. В Архангельском музее хранится настоятельский посох игуменов обители.
На Кожозере были написаны и первые иконы прп. Никодима (Рягузова. 2002. С. 38-45), о чем сообщалось в документе от 6 июня 1741 г.: «В расходе того числа Пияльской волости иконописцу Петру Ортемонову за письмо Богородично и двух Никодимовых образов и за дело рамок плачено девяносто копеек» (ГААО. Ф. 441. Оп. 6. Л. 10).
Летом 1850 г. в приходе на Кожозере сгорела единственная ветхая церковь, а 25 янв. 1851 г.- часовня над могилой преподобных Cepaпионa и Авраамия. В мае по указу Cинода К. м. был возобновлен как приписной к Корельскому во имя святителя Николая Чудотворца монастырю На нужды К. м. известный московский благотворитель П. М. Александров пожертвовал 10 тыс. р., а позже завещал еще 40 тыс. р.
По Высочайшему указу от 30 мая 1853 г., К. м. стал самостоятельным, второклассным. Иером. Пармен (Правоторов; † 1867), постриженик Соловецкого монастыря, управлял обителью. В 1855 г. в К. м. была построена и освящена 3-престольная деревянная Богоявленская ц. с колокольней. Одновременно над гробницей преподобных Серапиона и Антония (Авраамия) Кожеезерских была поставлена часовня для чтения Псалтири. В 1861 г. еп. Архангельский Варлаам (Успенский) поручил иером. Митрофану (Правоторову; † янв. 1884), брату иером. Пармена, дальнейшее восстановление обители. Вскоре по ходатайству нового настоятеля в пользу К. м. были отписаны принадлежавшие ранее мон-рю земли (4 версты вокруг Кожозера) и местность с часовней прп. Никодима на р. Хозьюга. В 1862 г. попечением игум. Митрофана Архангельская палата гос. имущества вернула мон-рю земли, ранее захваченные крестьянами-арендаторами.
В 1864 г. в К. м. по проекту губ. архит. Васильева началось возведение, а в 1884 г. состоялось освящение 5-главого каменного храма Успения Пресв. Богородицы с 2 приделами: преподобных Зосимы и Савватия Соловецких и прп. Никодима Кожеезерского. Одновременно начали строить каменную теплую трапезную, соединенную переходом с Успенской ц. В трапезной был освящен теплый храм Преображения Господня. В 1867 г. игум. Митрофан ушел на покой (похоронен в обители). В 1867-1885 гг. в К. м. сменилось более 10 настоятелей. В 1885 г., при иером. Тихоне, часовня над гробницей преподобных Серапиона и Авраамия была перестроена в каменную ц. св. Иоанна Предтечи. В 1887-1888 гг. на месте сгоревшего Богоявленского храма (рядом с Иоанно-Предтеченской ц.) была возведена и 15 янв. 1889 г. освящена новая теплая деревянная соборная ц. Богоявления (РГИА. Ф. 799. Оп. 16. Д. 35. 1987 г.). Ок. 1898-1909 гг. была построена надвратная ц. Тихвинской иконы Божией Матери. На территории обители находился также 2-этажный кирпичный игуменский корпус, молочарня для хранения и обработки молока с подвалом и ледником, овин для сушки снопов, 2 амбара с погребами, кирпичная баня.
К нач. 1918 г. в К. м. проживали иеросхимонах, 5 иеромонахов, 4 иеродиакона (двое из них - казначей и ризничий), 9 монахов и 5 послушников. До 1917 г. настоятелем был архим. Олег (Завилин), по возрасту «моложе всей старшей братии» (Санакина. 2005. С. 13). После 1917 г. в монастыре возникли перебои с хлебом, некоторые монахи возроптали. Кроме того, братия без благословения настоятеля решила не поминать за богослужением имп. св. Николая II, его семью и лиц императорской фамилии, а позже избрала большинством голосов «исполнительный комитет монастыря», отстранив архим. Олега от руководства. Исполнительный комитет описал имущество настоятеля, потребовав выдать все деньги. Монахи перестали ходить в храм и отказывались от работ. Архим. Олег обратился в Архангельскую духовную консисторию с просьбой разобраться в сложившейся ситуации. В обитель был срочно направлен архим. Вениамин (Кононов), настоятель Антониева Сийского мон-ря. Расследовать хозяйственную деятельность архим. Олега было поручено свящ. Александру Попову, благочинному 3-го Онежского окр. 22 июня 1917 г., после следствия, длившегося 3 недели, архим. Вениамин объявил братии об условиях, к-рые необходимо выполнить до назначения нового настоятеля, с чем братия не согласилась. Обобщив собранный материал, архим. Вениамин пришел к выводу, что для сохранения обители лучше учредить жен. мон-рь. Вскоре настоятельнице Ямецкого мон-ря было предложено переселиться вместе с сестрами на территорию К. м. Ямецкие монахини согласились переехать на Поонежье (ГААО. Ф. 29. Оп. 1. Т. 2. Д. 1110. Л. 21-22). Кожеезерская братия, встревоженная этим решением, отправила в Архангельскую консисторию прошение определить в настоятели инока Иону, перешедшего из Красногорского мон-ря. Однако его назначение настоятелем не состоялось. К. м. продолжала руководить старшая братия во главе с иером. Арсением.
В сент. 1918 г. крестьяне дер. Кривой Пояс Пудожского у. Олонецкой губ. напали на К. м., убили иеромонахов Арсения и Пантелеимона, монахов Иоанникия и Илию, послушника Михаила Черепанова, богомольца И. Я. Анцыферова и работницу М. Зайцеву. Оставшиеся в живых иноки покинули обитель. Сохранились воспоминания свидетеля событий мон. Валентина, приговоренного к расстрелу, но успевшего скрыться в Пертоминском мон-ре (ГААО. Ф. 29. Оп. 1. Т. 2. Д. 1269, 1309, 1312). 19 марта 1919 г. в захваченной большевиками обители были вскрыты мощи прп. Никодима. В прессе сообщалось, что при вскрытии раки, «к удивлению присутствующих», не было обнаружено «не только мощей, но ничего, свидетельствующего о пребывании когда-либо в ней каких бы то ни было предметов» (Красный Север. Вологда, 1919. № 19. С. 3). Вскоре постройки К. м. были национализированы, в них устроена коммуна, а затем - поселок ссыльных, Кожпосёлок. В Преображенском храме проживали люди, а в Богоявленской ц. держали скот. В 50-х гг. XX в. поселок был расформирован, с 60-х гг. XX в. на месте обители расположился лесничий кордон - место остановки рыбаков и геологических партий. Крепкие монастырские здания постепенно разрушались.
В 1998 г. по благословению еп. Архангельского и Холмогорского Тихона (Степанова) началось восстановление обители. 29 апр. 1998 г. в К. м. поселились 2 монаха и послушник из Оптиной в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы пустыни. Решением Синода РПЦ от 19 апр. 1999 г. мон-рь был открыт, настоятелем назначен иером. Михей (Разиньков). Восстановлен теплый надвратный храм Тихвинской иконы Божией Матери, флигели, бывш. паломнический 2-этажный корпус с печным отоплением. В полуразрушенном состоянии пребывают Иоанно-Предтеченский храм, выстроенный над мощами преподобных Серапиона и Авраамия, а также Успенская ц. с приделами преподобных Зосимы и Савватия Соловецких и прп. Никодима.